Une fois que le dinosaure a attaqué et chassé les G.I. de l’île, assurant la victoire des Japonais, l’expédition venue du futur le téléporte au fond d’un océan de 1992. Mais en repartant, nos « futuriens » oublient sur l’île trois animaux domestiques issus de modifications génétiques, les Dorats, aux allures de Mogwaïs reptiliens affublés d’ailes de chauve-souris. En 1954, ce sont eux qui sont irradiés par la bombe, et ils fusionnent pour donner naissance à une créature redoutable : Ghidorah, le fameux dragon tricéphale. Lorsque le monstre se met à ravager les villes de Fukuoka et Okkaido, il devient clair que les intentions des visiteurs de futur sont loin d’être louables. C’est à dessein qu’ils ont créé Ghidorah, afin de détruire le Japon pour l’empêcher de devenir une puissance mondiale trop forte. En réalité, Godzilla n’a donc jamais détruit le Japon dans le futur.