Redoublant d’imagination et d’inventivité, les scénaristes de la Toho s’amusent, depuis la résurrection de Godzilla en 1984, à lui opposer des ennemis mixant les monstres de la première série (Ghidrah, Mothra, Mecha-Godzilla) et de toutes nouvelles créations, comme c’est le cas ici. Au début du film, scientifiques et militaires se sont mis en tête de régler le « problème Godzilla », mais en optant pour deux solutions incompatibles. La première consiste à prendre le contrôle du dinosaure par télépathie. La seconde vise son élimination pure et simple, à l’aide d’une invention prodigieuse baptisée Mogera. Héritée des dessins animés Transformers, cette machine prend tour à tour les allures d’un vaisseau spatial ou d’un robot bipède empruntant sa morphologie à celui de Prisonnières des Martiens. Elle peut aussi se diviser en deux, une moitié se muant en bombardier futuriste, l’autre en tank-foreuse. Godzilla, lui, ne fait son apparition qu’au bout de vingt minutes de film, surgissant de l’océan de fort majestueuse manière, sa queue ondulant comme un serpent de mer, sa petite gueule carnassière hurlant au sommet de sa colossale stature.