Contrairement à tous les films précédents de l’ère « Millennium », qui abandonnaient toute continuité en refusant obstinément de se suivre les uns les autres pour redémarrer à chaque fois une intrigue originale s’appuyant sur les péripéties du Godzilla de 1954, cet épisode se raccorde directement au précédent. C’est une aubaine, car nous nous étions autant attachés au sort de ses protagonistes humains qu’à celui de ses créatures géantes : Godzilla et son adversaire bio-mécanique. A l’issue du combat final de Godzilla x Mechagodzilla, le dinosaure radioactif repose sous les eaux et Kiryu est en réparation. Un troisième monstre fait alors son apparition : le papillon géant Mothra. Qu’importe s’il a été pulvérisé dans Godzilla, Mothra et King Ghidorah, puisque ce film et son prédécesseur s’appréhendent comme un diptyque autonome. Les deux jeunes filles miniatures qui accompagnent systématiquement le titanesque insecte multicolore sont de la partie et apparaissent dans un foyer japonais. Avec leur jovialité et leur sagesse habituelle, elles expliquent à un grand-père et ses petits-enfants que les os de Godzilla avec lesquels a été construit Mechagodzilla doivent absolument retourner à la mer, et que si Godzilla s’en prend à nouveau à la population, Mothra s’y opposera fermement. Cette information s’avère un peu surprenante, dans la mesure où le scénario nous apprend que le papillon géant a lui-même attaqué Tokyo 43 ans plus tôt. Toujours est-il qu’un dilemme suit cette révélation. Faut-il relancer Mechagodzilla à l’attaque de Godzilla, ou démanteler le robot et laisser faire Mothra ?